Dockground

Docking Benchmarks for Models Set 1



Complex Download models
RMSD from native Select row
# PDB_ID Chain_ID Name 1A 2A 3A 4A 5A 6A
 1.  1ACB E ALPHA-CHYMOTRYPSIN 1.13  2.16  3.00  4.04  5.12  6.06 
I EGLIN C 1.01  2.10  2.89  3.97  5.05  6.06 
 2.  1ARO L T7 LYSOZYME 1.04  1.85  3.04  4.15  5.06  5.92 
P T7 RNA POLYMERASE 1.15  1.96  3.13  3.95  4.94  6.11 
 3.  1AVW A TRYPSIN 1.05  2.00  2.95  3.99  4.93  5.99 
B TRYPSIN INHIBITOR 1.04  1.94  3.00  4.01  5.01  5.90 
 4.  1BVN P PROTEIN (ALPHA-AMYLASE) 1.05  2.13  3.02  4.17  4.97  6.05 
T PROTEIN (TENDAMISTAT) 0.95  2.02  2.99  4.11  4.93  5.99 
 5.  1CGJ E ALPHA-CHYMOTRYPSINOGEN 1.01  1.90  3.03  3.96  5.02  5.99 
I PANCREATIC SECRETORY TRYPSIN INHIBITOR (KAZAL TYPE) VARIANT 4 0.97  2.20  2.97  3.98  5.16  5.86 
 6.  1CSE E SUBTILISIN CARLSBERG 1.12  2.00  3.00  4.05  4.94  6.08 
I EGLIN C 0.99  2.18  2.80  4.14  4.95  6.05 
 7.  1D6R A TRYPSINOGEN 0.96  1.99  2.98  4.08  4.98  5.81 
I BOWMAN-BIRK PROTEINASE INHIBITOR PRECURSOR 1.01  2.05  3.07  3.98  5.02  5.99 
 8.  1DFJ E RIBONUCLEASE A 0.99  2.10  2.93  4.02  4.98  5.79 
I RIBONUCLEASE INHIBITOR 1.06  1.97  3.05  4.05  5.16  6.00 
 9.  1E6E A NADPH:ADRENODOXIN OXIDOREDUCTASE 1.12  1.99  2.91  4.08  5.09  6.07 
B ADRENODOXIN 1.04  2.01  3.13  3.99  5.01  5.93 
 10.  1E96 A RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1 1.03  1.93  2.96  3.95  4.93  6.14 
B NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 2 (NCF-2) TPR DOMAIN, RESIDUES 1-203 0.93  2.03  2.93  4.16  4.90  6.00 
 11.  1F34 A PEPSIN A 1.00  2.03  2.88  4.15  4.99  6.02 
B MAJOR PEPSIN INHIBITOR PI-3 0.96  1.84  3.04  3.94  5.12  6.00 
 12.  1F7Z A TRYPSIN II, ANIONIC 1.03  2.02  3.02  4.03  5.05  6.03 
I PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR 0.98  1.92  3.09  4.03  5.18  6.09 
 13.  1FM9 A RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA 0.99  2.00  2.95  3.99  4.96  5.98 
D PEROXISOME PROLIFERATOR ACTIVATED RECEPTOR GAMMA 1.02  2.04  3.08  4.01  4.96  6.17 
 14.  1FQ1 A CYCLIN-DEPENDENT KINASE INHIBITOR 3 1.15  1.98  3.03  3.81  5.13  6.16 
B CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2 1.05  1.94  3.06  3.98  5.02  6.01 
 15.  1FQJ A CHIMERA OF GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(T), ALPHA-1 SUBUNIT AND GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(I), ALPHA-1 SUBUNIT 1.01  2.04  2.80  4.13  5.00  6.01 
B REGULATOR OF G-PROTEIN SIGNALING 9 1.00  2.08  2.86  4.00  4.87  6.02 
 16.  1GCQ B GROWTH FACTOR RECEPTOR-bound PROTEIN 2 0.98  2.00  2.98  4.06  4.98  6.09 
C VAV PROTO-ONCOGENE 0.97  2.19  2.99  4.00  5.01  6.02 
 17.  1H1V A ACTIN 1.04  2.02  3.01  4.04  5.02  6.07 
G GELSOLIN 0.87  2.02  3.01  3.98  5.17  5.90 
 18.  1HE8 A PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT, GAMMA ISOFORM 1.00  2.03  3.01  3.99  4.97  5.98 
B MOLNAME2 1.00  2.01  3.00  3.93  4.92  6.13 
 19.  1I2M A GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN 0.93  1.84  2.97  3.92  5.00  5.98 
B REGULATOR OF CHROMOSOME CONDENSATION 1 1.02  2.01  2.91  4.01  5.06  6.00 
 20.  1IRA X INTERLEUKIN-1 RECEPTOR ANTAGONIST 0.98  1.81  2.92  4.00  4.99  5.98 
Y INTERLEUKIN-1 RECEPTOR 0.95  1.96  3.08  4.10  4.96  6.04 
 21.  1K93 A CALMODULIN-SENSITIVE ADENYLATE CYCLASE 1.09  2.19  2.97  4.10  5.11  5.99 
D CALMODULIN 0.99  2.14  3.08  4.01  5.08  5.93 
 22.  1KAC A PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN) 1.09  2.01  2.91  3.81  4.81  5.97 
B PROTEIN (COXSACKIE VIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR) 1.10  2.04  3.09  3.97  4.99  5.99 
 23.  1KTZ A TRANSFORMING GROWTH FACTOR BETA 3 1.01  2.05  2.85  4.06  5.15  5.88 
B TGF-BETA TYPE II RECEPTOR 0.95  1.92  3.00  4.15  4.88  6.10 
 24.  1KU6 A ACETYLCHOLINESTERASE 0.98  2.02  2.96  3.98  4.96  6.07 
B FASCICULIN 2 1.02  2.00  3.00  4.03  5.01  5.81 
 25.  1M27 A SH2 DOMAIN PROTEIN 1A 0.97  2.05  2.98  4.04  4.92  5.96 
C PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE FYN 1.01  2.00  3.01  3.95  5.07  6.13 
 26.  1MA9 A VITAMIN D-BINDING PROTEIN 1.02  2.02  2.89  3.82  4.89  5.99 
B ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE 1.13  2.11  3.10  3.99  4.99  5.87 
 27.  1NW9 A BACULOVIRAL IAP REPEAT-CONTAINING PROTEIN 4 0.91  2.04  2.95  3.93  5.02  6.02 
B CASPASE 9, APOPTOSIS-RELATED CYSTEINE PROTEASE 0.98  1.94  3.06  4.03  5.03  5.93 
 28.  1OPH A ALPHA-1-ANTITRYPSIN PRECURSOR 1.01  2.02  2.97  4.01  4.85  6.01 
B TRYPSINOGEN, CATIONIC PRECURSOR 0.96  2.03  2.97  4.08  4.92  6.01 
 29.  1PPE E TRYPSIN 1.02  1.99  2.99  4.07  4.97  6.19 
I TRYPSIN INHIBITOR CMTI-I 1.02  1.83  3.03  4.02  4.95  6.03 
 30.  1PPF E HUMAN LEUKOCYTE ELASTASE 1.14  2.00  3.01  4.01  4.90  5.91 
I TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR (OMTKY3) 1.02  2.19  3.01  3.95  4.86  5.88 
 31.  1QA9 A HUMAN CD2 PROTEIN 1.19  1.85  3.04  3.99  4.98  6.08 
B HUMAN CD58 PROTEIN 0.92  2.17  3.15  4.02  5.01  6.00 
 32.  1QBK B KARYOPHERIN BETA2 0.98  1.79  2.97  4.14  5.00  6.13 
C RAN 1.02  2.15  3.04  3.94  4.86  6.04 
 33.  1R0R E SUBTILISIN CARLSBERG 1.13  2.02  3.03  4.00  5.01  6.08 
I OVOMUCOID 1.09  2.00  2.96  4.01  5.02  6.00 
 34.  1R8S A ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1 1.05  2.01  3.13  3.99  4.98  6.01 
E ARNO 1.02  2.09  3.01  4.08  5.13  6.02 
 35.  1SHW A EPHRIN-A5 0.94  2.05  3.16  3.91  5.10  6.01 
B EPHRIN TYPE-B RECEPTOR 2 0.99  1.86  3.12  4.06  5.18  6.01 
 36.  1SQ0 A VON WILLEBRAND FACTOR (VWF) [CONTAINS: VON WILLEBRAND ANTIGEN II] 1.03  1.95  2.99  3.97  5.05  5.99 
B PLATELET GLYCOPROTEIN IB ALPHA CHAIN (GLYCOPROTEIN IBALPHA) (GP-IB ALPHA) (GPIBA) (GPIB-ALPHA) (CD42B-ALPHA) (CD42B) [CONTAINS: GLYCOCALICIN] 0.96  2.19  3.03  4.05  5.02  5.99 
 37.  1T6B X PROTECTIVE ANTIGEN 1.04  2.04  3.02  4.02  5.20  6.03 
Y ANTHRAX TOXIN RECEPTOR 2 0.93  2.01  2.91  3.97  4.98  6.00 
 38.  1TMQ A PROTEIN (ALPHA-AMYLASE) 1.19  2.07  3.04  4.03  5.09  5.94 
B PROTEIN (RAGI BIFUNCTIONAL INHIBITOR) 0.94  1.83  3.11  4.01  4.96  6.10 
 39.  1TX4 A P50-RHOGAP 0.99  2.06  3.05  3.96  4.97  5.95 
B TRANSFORMING PROTEIN RHOA 0.95  1.96  2.99  4.02  5.02  5.98 
 40.  1WQ1 G P120GAP 0.89  2.18  3.08  4.03  4.89  5.84 
R H-RAS 1.00  2.00  2.97  3.97  4.98  5.90 
 41.  1XQS A HSPBP1 PROTEIN 0.94  2.09  3.01  4.09  5.00  6.03 
C HEAT SHOCK 70 KDA PROTEIN 1 0.96  2.08  2.92  4.03  5.02  6.06 
 42.  1Y64 A ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE 0.98  2.03  2.90  3.98  4.96  6.14 
B BNI1 PROTEIN 0.98  1.90  3.17  3.84  5.03  5.89 
 43.  1Z5Y D THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN DSBD 1.03  2.00  3.03  3.85  5.02  6.00 
E THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN DSBE 0.86  2.04  2.98  4.04  5.08  6.01 
 44.  1ZHI A ORIGIN RECOGNITION COMPLEX SUBUNIT 1 1.02  2.07  3.04  3.87  4.90  6.10 
B REGULATORY PROTEIN SIR1 0.98  2.01  2.88  3.95  4.81  6.04 
 45.  2A42 A ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE 1.03  1.97  2.87  4.00  4.84  6.11 
B DEOXYRIBONUCLEASE-1 0.87  2.09  3.03  3.88  4.91  5.96 
 46.  2A5T A N-METHYL-D-ASPARTATE RECEPTOR NMDAR1-4A SUBUNIT 1.03  2.09  2.99  3.89  5.00  6.00 
B N-METHYL-D-ASPARTATE RECEPTOR NMDAR2A SUBUNIT 1.02  2.04  3.02  4.11  5.03  6.03 
 47.  2B12 A CYTOCHROME C PEROXIDASE, MITOCHONDRIAL 0.90  2.06  3.01  3.98  4.89  6.00 
B CYTOCHROME C ISO-1 1.08  2.05  3.10  4.09  5.02  6.11 
 48.  2B42 A XYLANASE INHIBITOR-I 1.03  1.97  2.95  4.08  4.82  6.08 
B ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A 1.03  2.03  3.01  3.91  4.86  6.03 
 49.  2BKH A UNCONVENTIONAL MYOSIN 1.10  2.00  3.01  3.97  4.99  6.04 
B CALMODULIN 1.17  2.04  2.93  3.96  4.96  5.89 
 50.  2C0L A PEROXISOMAL TARGETING SIGNAL 1 RECEPTOR 1.08  2.01  3.08  4.08  5.04  6.14 
B NONSPECIFIC LIPID-TRANSFER PROTEIN 0.90  2.00  2.87  4.09  4.88  5.94 
 51.  2CFH A TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3 0.91  2.20  2.97  4.20  5.05  5.99 
C TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 6B 1.00  2.00  3.04  3.83  5.00  5.92 
 52.  2GY7 A ANGIOPOIETIN-2 1.04  1.99  3.10  4.00  5.19  5.85 
B ANGIOPOIETIN-1 RECEPTOR 1.03  1.93  2.93  3.97  5.10  5.91 
 53.  2H7V A MIGRATION-INDUCING PROTEIN 5 1.00  2.02  3.01  4.01  5.00  6.08 
C PROTEIN KINASE YPKA 0.82  2.09  3.12  4.07  5.12  6.05 
 54.  2HLE A EPHRIN TYPE-B RECEPTOR 4 0.90  1.95  2.98  4.04  4.99  6.02 
B EPHRIN-B2 0.98  2.00  2.87  4.14  5.07  6.00 
 55.  2HQS A PROTEIN TOLB 1.06  1.99  2.86  3.81  4.90  5.88 
H PEPTIDOGLYCAN-ASSOCIATED LIPOPROTEIN 1.02  2.15  2.80  3.94  5.04  5.96 
 56.  2JB0 A COLICIN E7 IMMUNITY PROTEIN 0.97  1.99  2.84  4.08  4.87  5.99 
B COLICIN E7 0.99  1.94  2.87  4.00  5.02  5.98 
 57.  2NZ8 A RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1 ISOFORM RAC1 1.15  2.02  3.05  3.99  5.02  6.06 
B TRIPLE FUNCTIONAL DOMAIN PROTEIN 0.95  1.98  2.82  4.00  4.97  6.14 
 58.  2O8V A PHOSPHOADENOSINE PHOSPHOSULFATE REDUCTASE 1.01  2.02  2.81  3.93  4.99  6.04 
B THIOREDOXIN 1 0.99  2.09  3.02  4.02  4.94  6.11 
 59.  2OOB A E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE CBL-B 0.97  2.03  2.96  3.85  5.03  5.91 
B UBIQUITIN 1.00  2.06  2.93  3.82  5.07  5.98 
 60.  2OT3 A MOLNAME1 0.87  2.08  3.12  4.06  5.00  5.93 
B RAS-RELATED PROTEIN RAB-21 1.07  2.12  2.97  3.95  5.01  6.04 
 61.  2PAV A ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE 0.96  1.97  3.01  4.16  4.96  6.04 
P PROFILIN-1 1.00  1.87  3.07  4.17  5.09  6.10 
 62.  2UUY A CATIONIC TRYPSIN 0.99  2.00  2.99  4.02  4.98  5.98 
B TRYPTASE INHIBITOR 1.07  1.94  2.93  3.94  5.05  5.96 
 63.  3SIC E SUBTILISIN BPN' 1.00  2.15  3.01  4.14  5.01  6.04 
I STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR (SSI) 1.15  1.81  2.92  4.02  5.01  6.00 

include description in download

download all models

 




Legend

x.xx

  - homology models


x.xx

  - NEB models